El Club Guaraní se fundó el 12 de Octubre del año 1903, en la casa de la Mansión Patri, situada sobre la actual calle Alberdi, haciendo esquina con El Paraguayo Independiente y Benjamín Constant, local hoy ocupado por el Correo Central.
El Olimpia se había fundado el 25 de julio de 1902, donde participaron la mayoría de los estudiantes superiores y empleados de comercio en aquella época.
Entre los meses de julio y agosto de 1.903, ocurre un incidente en la cancha del Club Olimpia. Varios jóvenes socios de esta institución se presentan en la cancha y solicitan el uso de la pelota, para efectuar una práctica, a lo que el capataz se niega, por lo cual, los jóvenes sacan forzados la pelota y con ella toman la cancha.
Estando en plena práctica, viene un joven y les avisa que se vayan rápido, pues viene la policía para tomarlos presos por orden del señor Willian Paats,profesor de cultura física de la Policía y miembro de la Comisión Directiva del Olimpia. Los jóvenes huyen por la calle Sebastián Gaboto, dirigiéndose hacia la casa de los Patri, donde llegan en el momento que salía de ella el Gral. Caballero, quien pregunta: «Que les
pasa?», a lo que contestan: «La policía nos sigue para apresarnos». Ya llegaba en ese momento la policía y el Gral. Caballero les dice: «Váyanse y no molesten más a estos jóvenes». Y allí termina este incidente.stos jóvenes quedan reunidos en la casa de los Patri y allí intercambian opiniones, llegando a la conclusión de ser necesaria la fundación de otro Club, para que todos los amantes del nuevo deporte, el fútbol, puedan participar libremente. Estos jóvenes, 9 en total, resuelven ponerse en campaña y buscar a losfuturos fundadores de la nueva entidad.

  * En el año 1996 se consagró campeón del Torneo Apertura; sin embargo,
en ese tiempo este logro no representaba un título absoluto.
Guaraní es, hasta hoy, el único bi-campeón invicto del Fútbol Paraguayo.